L'église S. Pablo est l'unique vestige du couvent dominicain (XIIIe siècle), détruit durant la guerre de l'Indépendance et à l'emplacement duquel, suite aux processus de Désamortissement ecclésiastique du  XIXe siècle, s'est établi l'actuel Lycée José Zorrilla. La construction du temple où fut baptisé Felipe II, et sa sacristie, entre les XVe-XVIe siècles, sont l'oeuvre du Cardinal Juan de Torquemada, de Fray Alonso de Burgos, confesseur d'Isabelle la Catholique et Évêque de Palencia, et du Cardinal García de Loaysa, confesseur de Charles Quint et Président du Conseil des Indes. À partir de 1601, le Duc de Lerma, le favori de Philippe III, entreprend de profondes réformes classicistes d'empreinte herrérienne à l'intérieur et sur l'ensemble de l'imposante façade, de style hispano-flamand avec deux parties distintes: la partie inférieure (XVe siècle) oeuvre de Simón de Cologne, et la partie  supérieure, de l'époque du Duc de Lerma.